科研處（產學研合作辦公室、學報編輯部、學術委員會辦公室、黨委研究生工作部、研究生處、學科建設辦公室）是在校黨委和行政領導下，負責全校科學研究、科技服務、學術交流、產學研合作、知識產權保護、學科建設等日常管理；學報編輯、出版、發行等工作；學位與研究生工作的職能部門。現有工作人員11人，其中處長1人、副處長2人；下設辦公室、項目管理科、科技成果轉移轉化科、產學研合作科、學報編輯部辦公室、學科建設辦公室、黨委研究生工作部（研究生處）綜合管理辦公室、培養與學位管理科8個科室。
主要工作職責：
1.負責學校科研管理規章制度的制定和落實工作。
2.負責學校科學研究、科技開發和學科建設發展規劃的編制及組織實施工作。
3.負責學校各級各類縱向科研項目的申報、立項管理和校設科研項目的評審工作。
4.負責學校橫向科研項目的管理工作，組織開展技術合作、科技咨詢與服務、科研成果及專利技術的轉化和產業化等工作。
5.負責科研經費的管理工作。
6.負責組織各類科技專利的申請和各級科研成果獎的申報工作。
7.負責學校科研成果的統計、審查和獎勵工作；負責學校科技統計和社科統計的年報工作。
9.負責組織學校科研基地、協同創新中心、重點學科和重點實驗室等的申報和管理工作；負責學校科研機構的建設和管理工作。
10.負責學校知識產權保護工作。
11.負責學校科普和科技創新工作。
12.負責校社科聯的日常工作。
13.負責《巢湖學院學報》的編輯、出版和發行工作。
14.負責學位點申報與研究生教育管理工作。
15.完成學校及上級主管部門交辦的其他工作。