巢湖學院辦公室（黨委辦公室、院長辦公室、法治工作辦公室、校友工作辦公室）是學校黨委、行政的綜合管理部門。

設有文秘一科、文秘二科、綜合科、機要科、行政科、法治科、檔案館、校友工作科8個科室。

主要職責是圍繞學校中心工作，積極發揮參謀助手、綜合協調、督查督辦等作用，服務領導、服務基層、服務師生員工、服務廣大校友，具體承擔學校黨政文秘、會務、信息、通信、機要、保密、督查、法治、檔案、文印以及公車管理、公務接待、校友聯絡、鄉村振興等綜合協調和日常服務工作。